灵隐寺开山祖师为西印度僧人慧理和尚。南朝梁武帝赐田并扩建。五代吴越王钱镠命请永明延寿大师重兴开拓，并赐名灵隐新寺。宋宁宗嘉定年间，灵隐寺被誉为江南禅宗“五山”之一。清顺治年间，禅宗巨匠具德和尚住持灵隐，筹资重建，仅建殿堂时间就前后历十八年之久，其规模之宏伟跃居“东南之冠” 。康熙帝南巡时，赐名 “云林禅寺”。

 相传印度僧人慧理至此，认为飞来峰是“仙灵所隐”之地，遂面山建寺，取名“灵隐”。

 吴越王钱缪时期的摩崖石刻、佛像塑造、佛经雕刻特别丰富，寺字园林、佛塔经幢随处皆有。学佛习禅之人日渐增多，佛门禅坛的诗词文章层出不穷。

  汉天福十二年（947年），吴越王钱弘仿曾扩建灵隐寺为九楼、十八阁、七十二殿。一时间僧众三千之多，常有异邦僧侣前来取经。

 周显德七年（960年），吴越王钱弘从奉化请来高僧延寿主持灵隐寺，新建僧舍五百余间，建石幢二座。东建百尺弥勒阁，西有祇园，共有殿宇房舍一千三百余间，廊庑曲折萦回，自山门左右连接方丈，称寺为"灵隐新寺"。 

  洪武三年（1370年），明太祖把灵隐寺住持见心来复召京说法，轰动朝野，四众归敬。明太祖亲封他为"十大高僧"之一，授以金褴袈裟，并命他撰"正心"、"崇本"、"观道"、"敬贤"四箴。

  灵隐寺总体规划是沿中轴线形成五层格局：天王殿-大雄宝殿-药师殿-藏经楼（下设法堂）-华严殿。同时向两翼布局，先后建成线刻五百罗汉堂、道济殿（现称济公殿）、客堂（六和堂）、祖堂、大悲阁、龙宫海藏（藏品陈列）；并于原罗汉堂遗址重建五百罗汉堂，陈列平均身高1.7米的五百青铜罗汉，堂中央另建12.6米高的四大名山铜殿（已列为吉尼斯纪录 ），占地面积约87000平方米。此外，每进殿堂建有宽敞平台，美化古刹环境。先后建成了大型《心经》壁、百狮群雕等，并于五百罗汉堂西北建冽泉，借假山叠石形成自然瀑布流入阿耨达池，池边建有“具德亭”，以纪念清初具德中兴灵隐之功。

 飞来峰的传说

  相传有一天，灵隐寺的济公和尚突然心血来潮，算知有一座山峰就要从远处飞来，那时，灵隐寺前是个村庄，济公怕飞来的山峰压死人，就奔进村里劝大家赶快离开。村里人因平时看惯济公疯疯颠颠，爱捉弄人，以为这次又是寻大家的开心，因此谁也没有听他的话。眼看山峰就要飞来，济公急了，就冲进一户娶新娘的人家，背起正在拜堂的新娘子就跑。村人见和尚抢新娘，就都呼喊着追了出来。人们正追着，忽听风声呼呼，天昏地暗，“轰隆隆”一声，一座山峰飞降灵隐寺前，压没了整个村庄。这时，人们才明白济公抢新娘是为了拯救大家。

 济公成佛后的尊号长达28个字：“大慈大悲大仁大慧紫金罗汉阿那尊者神功广济先师三元赞化天尊”，集 佛 道 儒 于一身，堪称神化之极。灵隐寺建有道济禅师殿，香火鼎盛。 

   自命风流儒雅的康熙皇帝来到杭州灵隐寺，老和尚请求他为寺院题块匾额。康熙信手挥笔，在纸上写了个老大的“雨”字，可“灵隐寺”的“灵”字按老写法在“雨”字下面还有三个“口”和一个“巫”，这许多笔画怎么也摆不下了，真是急得皇帝下不了台。还好，在一个随从的暗示下，他将错就错，写成“云林禅寺”。这块匾挂了三百年直到如今，可老百姓并不买他的账，仍叫它“灵隐寺”。康熙题匾的笑话也一直流传到如今。